Trenersku karijeru je počeo u niželigašu Unterhachingu s kojim je izborio plasman u viši rang. Potom je bio pomoćni trener u njemačkoj U-20 reprezentaciji, a od rujna 2023. i u stručnom stožeru njemačkog izbornika Juliana Nagelsmanna.

Wagner dolazi na klupu Augsburga pet dana nakon što je vodstvo kluba otpustilo dosadašnjeg trenera Jessa Thorupa i sportskog direktora Marinka Jurendića.

Augsburg je sezonu završio na 12. mjestu.

U svojoj profesionalnoj karijeri Wagner je igrao za Bayern Munchen, Hoffenheim, Herthu, Werder, Darmstadt, Tianjin…. U dresu njemačke vrste upisao je osam nastupa i postigao pet golova.

Gledatelji u Hrvatskoj program regionalnog sportskog kanala Sport Klub i ubuduće će moći pratiti na Telemachu, Total TV-u, OptiTV-u i preko platforme EON koja je dostupna svim gledateljima.