U Njemačkoj je Rafinha igrao za Schalke od 2005. do 2010., prije nego što je uživao u najuspješnijem razdoblju svoje karijere s klubom iz Munchena od 2011. do 2019. S Bayernom je, između ostalog, osvojio sedam naslova prvaka, četiri njemačka kupa, Ligu prvaka i Svjetsko klupsko prvenstvo 2013.

Rafinha je posebno zahvalio Schalkeu “koji je vjerovao u dečka iz Brazila” i Bayernu “koji je bio moj dom toliko godina i gdje sam osvojio sve u nogometu”.