Kao 19-godišnjak je obećavao puno, u sezoni 2018/19. je u dresu Benfice u svim natjecanjima zabio 20 golova i tome dodao 11 asistencija. To je ponukalo Atletico Madrid da napravi najskuplji transfer u povijesti kluba, isplativši Benfici odštetu od 127 milijuna eura. U “Colchonerosima” je proveo tri i pol godine, ali niti jedne sezone nije zabio više od osam golova. Njegovu poziciju u madridskom klubu dodatno su pogoršali sukobi sa trenerom Diegom Simeoneom i navijačima. Stvari su se toliko zakomplicirale da ga je Atletico poslao na posudbu u Chelsea, a potom u Barcelonu.

Nakon jednogodišnje posudbe u Barci vratio se u Atletico u ljeto 2024. godine. Trener Simeone nije računao na njega, ali neočekivano se ukazala prilika koju Atletico nije smio propustiti. Tako su u kolovozu 2024. “Colchonerosi” prodali portugalskog napadača Chelseaju za 52 milijuna eura. I drugi pokušaj u engleskom klubu je propao, pa je početkom ove godine poslan na posudbu u AC Milan. Budući da se nije uspio nametnuti ni u “Rossonerima”, Joao Felix smatra da bi mogao oživiti karijeru povratkom u Benficu gdje je još kao tinejdžer pokazao najbolju formu u svojoj karijeri, tvrde španjolski mediji. Ako ne uspije povratak u Benficu, rezervna opcija je odlazak u Saudijsku Arabiju, koja je proteklih godina privukla brojne nogometne zvijezde.