Drugi vozač Ducatija, Francesco Bagnaia, imao je sličan dan, također samo pet dana nakon što se vratio na najvišu stepenicu pobjedničkog postolja, ali za razliku od Márqueza, nijednog trenutka nije uspio probiti se među 10 najboljih. Na kraju je završio kao 17., četiri i pol desetinke iza svog momčadskog kolege.

Na taj način, prvi put od Velike nagrade Valencije 2023. godine, oba vozača tvorničkog Ducatija morat će nastupiti u prvom dijelu kvalifikacija u subotu prijepodne.

Na samom vrhu staze Mandalika našao se Marco Bezzecchi na Apriliji, s krugom od 1:29.240 minuta i četiri desetinke prednosti ispred Fermína Aldeguera iz Gresinija, dok je treći bio vozač KTM Racinga Pedro Acosta. Najbolju trojicu slijedio je vozač Honde Luca Marini, koji je bio najbrži na jutarnjem treningu, ispred Raúla Fernándeza iz Trackhousea i momčadskog kolege Joana Mira.

Sedmo vrijeme postigao je već spomenuti Quartararo, a mjesto u drugom dijelu kvalifikacija osigurali su i Álex Rins na drugoj Yamahi, vozač Pramaca Miguel Oliveira te Álex Márquez iz Gresinija. Mlađi Márquez je, inače, poput brata imao težak pad u samoj završnici treninga, ali se spasio zahvaljujući tome što njegov stariji brat, sada već deveterostruki svjetski prvak, nije uspio popraviti svoje vrijeme – djelomično i zbog izlijetanja s staze nekolicine vozača, među kojima su bili i Johann Zarco te Enea Bastianini.

Koliko je dan bio loš za Ducati potvrđuje i činjenica da su u drugi dio kvalifikacija prošli samo mlađi Márquez i Aldeguer, dok su svi ostali vozači te marke bili eliminirani. Márquez je završio kao 11., ispred Franka Morbidellija iz VR46 tima, dok je iza Bagnaje bio Fabio Di Giannantonio.

Akcija na stazi Mandalika nastavlja se u noći sa petka na subotu od 2:40, kvalifikacije počinju u 4:50, dok je sprint utrka za Veliku nagradu Indonezije zakazana za 9:00 sati.